Funchal ist sowohl Hauptstadt der Insel als auch des gesamten Archipels Madeira. In jeder Hinsicht ist die Stadt unbestrittenes Zentrum der Insel. Nicht nur Handel, Banken und Industrie konzentrieren sich in und um Funchal, sondern auch der Tourismus.
 
Die Stadt erhielt ihren Namen von den ersten Siedlern wegen des vielen wilden Fenchels (port. funcho), der einst in der Nähe der vier Flüsse wuchs, die im Innenstadtbereich ins Meer münden und heute im Unterlauf vollkommen kanalisiert sind. Die Inselentdecker versuchten sogleich, den Fenchel und das Gebüsch an den fruchtbaren Hängen der Südküste durch Brandrodung zu entfernen, um Felder anlegen zu können. Der Brand soll bald außer Kontrolle geraten sein und an der ganzen Küste, vor allem aber in der Bucht von Funchal, sieben Jahre gewütet haben, bevor man ihn löschen konnte. Aus diesem Grund zog es der spätere Legatskapitän, João Gonçalves Zarco, vor, die ersten Jahre in Câmara de Lobos zu verbringen. 1425 übersiedelte er nach Funchal, das er zur Hauptstadt der ihm anvertrauten Inselhälfte erklärte.

Von nun an wurde die Geschichte Madeiras in Funchal entschieden. Als König Manuel I. 1497 die Lehensgebiete auf der Insel direkt der portugiesischen Krone unterstellte, wurde Funchal zur alleinigen Kapitale.