Nicht ebenbürtigen Ehegatten und deren Nachkommen war die Beisetzung hier verwehrt, so z.B. der Gemahlin des Thronfolgers Franz Ferdinand, Sophie, und ihren drei Kindern.
  
Das Ausscheiden aus dem Kaiserhaus bedeutete neben dem Verlust der österreichischen Staatszugehörigkeit sowie sämtlicher Titel auch den Verlust des Beisetzungsrechtes in der Kaisergruft.
   
Nur unter besonderen Umständen war es möglich, dass auch Nichtfamilienmitglieder bei den Kapuzinern ihre letzte Ruhestätte fanden, z.B. Prinz Karl v. Lothringen oder die Gräfin Karoline Fuchs-Mollard.
    
Auch nach dem Ende der Monarchie behielt die Kaisergruft ihre Funktion als Familiengruft: Die letzten Beisetzungen waren die von Ezh. Maria Josefa 1944, von Ezh. Leopold Alphons 1958 und am 1.April 1989 von Zita, der letzten Kaiserin und Königin von Österreich - Ungarn.