Die Toten ruhen in Holzsärgen, die mit Samt überzogen und mit Metallbeschlägen verziert sind. Für die Särge der regierenden Herrscher und ihrer Gemahlinnen wurde schwarzer Samt und Goldstoff, für die der Erzherzoge und -herzoginnen roter Samt und Silberstoff verwendet.
Diese einfachen Särge wurden dann in die Prunksarkophage gebettet.
Zu jedem Sarkophag gibt es zwei Schlüssel. Einen verwahren die Kapuziner-
patres, der andere liegt im Schlüsselschrank der Geistlichen Schatzkammer der Hofburg.

Die Begräbniszeremonie erfolgte so, dass der Leichenzug, von der Hofburg kommend, nach der Aufbahrung in der Hofburgkapelle bzw. im Stephansdom zum Kirchentor des Kapuzinerklosters zog. Dort erwartete der Kustos der Kaisergruft mit den Patres den Trauerkondukt und geleitete diesen in die schwarz
ausgeschlagene Kirche.  
Nach der Begräbnismesse wurde der Sarg von den Kapuzinerpatres unter Fackelschein in die Gruft getragen. Dort wurde der Sarg nochmals geöffnet, und der Kustos überzeugte sich von der Identität des Verstorbenen. Einige Wochen später wurde der Holzsarg im Beisein eines Hofbeamten in den Übersarkophag gestellt und für immer verschlossen.